Urkundlich wird Prerow erstmals im Jahre 1296 erwähnt.
Ursprünglich war das Gebiet ein kleines Fischerdorf, das im 13. Jahrhundert gegründet und um den Prerow-Strom herum errichtet wurde. Die ersten Siedler bezeichneten es als „Prerow“ (slawisch: prerova), was so viel bedeutet wie Graben oder Durchbruch. Die ursprünglichen Ortskerne waren Krugberg, Krabbenort, Drümpel und Kirchenort.
Um 1700 entwickelte sich die Segelschifffahrt im Ostseehandel. Prerow war im Besitz von fünf Handelsschiffen. Diese lieferten vor allem Holz, Sand, Fisch, Getreide, Gemüse und Salz an unterschiedliche Ziele. Zuvor lebten die Menschen auf dem Darß in Abgeschiedenheit und Entbehrung. Handwerk, Fischerei, Landwirtschaft und Waldnutzung sicherte ihr Überleben auf mühsame Art und Weise.
Der Ostseeraum vor Prerow war zur damaligen Zeit von Sturmfluten und Seeräuberei geprägt. Die um 1726/1728 erbaute Seemannskirche wurde zu einem wahrhaftigen Retter in der Not für so manche Schiffsbesatzung. Der Glockenturm wies den Seeleuten den Weg von der Ostsee durch den Prerow-Strom in den Prerower Hafen. Aufgrund des Baus auf der höchsten Stelle des Kirchenortes blieb die Seemannskirche von der großen Sturmflut am 13. November 1872 verschont.
Im Jahr 1815 ging der Darß an Preußen zurück, zwischenzeitlich stand er jeweils unter schwedischer und dänischer Herrschaft. Das bäuerliche Leben begann wieder zu dominieren. Als im Jahr 1854 Dr. Karl Bindemann mit seiner Familie nach Prerow kam, um „Urlaub“ zu machen, ahnte wohl noch niemand welche touristische Zukunft dieser Gegend noch bevor stand.
Im 19. Jahrhundert begann Prerow, sich zu einem beliebten Seebad zu entwickeln. Der Bau von Villen und Pensionen zog zahlreiche Gäste an, die die frische Seeluft und die Strände genießen wollten. Die Eröffnung der ersten Strandpromenade und der Ausbau der Infrastruktur förderten den Tourismus. Prerow wurde Mitglied im Verband Deutscher Ostseebäder.
Besonders in der Zeit der Kaiserzeit und der Weimarer Republik erlebte Prerow einen Aufschwung. Viele wohlhabende Familien und Künstler kamen in die Region. Die Architektur der Villen spiegelt diesen Einfluss wider, mit vielen Bauten im typisch norddeutschen Stil.
Nun erweiterte Prerow auch seine Verkehrsanbindung ins In- und Ausland. Im Jahre 1910 wurde der Prerower Bahnhof eingeweiht und die Eisenbahnverbindung Barth-Zingst-Prerow mit Anschlussmöglichkeiten nach Stettin, Berlin und Hamburg aufgenommen. Im Jahr 1920 erfolgte der Bau der zweiten, größeren Seebrücke, die Schiffsverbindungen nach Dänemark und Schweden ermöglichte.
Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde Prerow Teil der DDR. In dieser Zeit wurde der Tourismus staatlich organisiert, was zu einem Anstieg von Besuchern führte, jedoch auch zu Einschränkungen in der Entwicklung.
Nach der Wiedervereinigung 1990 erlebte Prerow einen neuen Aufschwung. Die Sanierung von historischen Gebäuden und der Ausbau der touristischen Infrastruktur trugen dazu bei, dass das Ostseebad heute als eines der schönsten Reiseziele an der Ostseeküste gilt. Die natürliche Umgebung, insbesondere der Darßer Wald und der nahegelegene „Nationalpark Vorpommersche Boddenlandschaft“, sind wichtige Faktoren für die Anziehungskraft des Ortes.
Prerow hat sich somit von einem kleinen Fischerdorf zu einem beliebten Urlaubsort entwickelt, der Tradition und Moderne harmonisch vereint.